イタリア貴族ならびに聖職者の一族に生まれる。ミラノ大司教で聖人カルロ・ボッロメーオ（イエズス会会士）は叔父。母ジローラマGirolamaはローマ教皇ピウス4世の姪で、カルロ・ボロメオもピウス4世の甥だった。 ジェズアルドの幼少期についてはほとんど分かっていない。おそらく彼はヴェノーザに生まれた。生年については、1560年、1561年、1566年の3つの説があったが、近年に発見された母ジローラマの手紙から、1566年説が有力との見方が強まっている。 ジェズアルドはポンポニオ・ネンナと音楽的につながりがあったが、師弟関係にあったのか、それとも仲間同士の付き合いだったのかは定かでない。いずれにせよ早いうちからひたむきに音楽に打ち込んでおり、それ以外にはほとんど関心を示さなかった。